AMIDE usa propio formato (descrito abajo: “Ficheros XIF”) para guardar datos entre sesiones. Para cargar datos al AMIDE, es necesario importarlos (localizado bajo el menú "File" ). Puede optar entre que AMIDE adivine el formato ( funciona para la mayoría de los tipos) o decir a AMIDE explícitamente que formato de fichero debe importar. Importando todos los tipos de datos excepto datos crudos(raw) se hace a través de la librería de conversión medica de Erik Nolf's (X)medcon.
AMIDE intentará cargar cualquier fichero que tenga el sufijo ".dat" or ".raw" como fichero de datos crudos. Al usuario se le pedirán las dimensiones , los bits que existen desde el pricipio del fichero hasta los datos, y el tipo y formato de datos. Ficheros en big endian, little endian, y PDP pueden ser cargados (endian se refiere al orden en que los bits son dispuestos en la memoria).
Los siguientes formatos de datos son soportados: enteros con o sin signo de 8 bit , 16 , enteros con o sin signo de 32 bit , coma flotante de 32 bit IEEE , coma flotante de 64 bit IEEE , y datos ASCII .
Ficheros ECAT 6.4 y 7.2 , tanto estáticos como dinámicos se soportan a través de (X)MedCon. AMIDE intentará cargar cualquier fichero que tenga el sufijo ".img" como el ECAT 6.4, y cualquier fichero con sufijo ".v" como el ECAT 7. Por favor nótese que los ficheros ECAT 6.4 son muy difíciles de autodetectar , así si el fichero no acaba en .img tendrá que comunicar explícitamente a AMIDE para que importe el fichero como ECAT 6.4.
Aunque no se compila por defecto, AMIDE se puede configurar para usar la librería z_matrix_7/libecat para el manejo de ficheros ECAT en vez de (X)MedCon.
DICOM 3.0 se soporta con (X)MedCon, el cual tiene una librería ligeramente modificada de Tony Voet's VT-DICOM . El nivel de soporte de DICOM 3.0 viene enteramente determinado por (X)MedCon/VT-DICOM.
Los datos DICOM normalmente aparecen distribuidos en un grupo de ficheros. Para que los lea AMIDE como un conjunto único de datos, necesitará agrupar esos ficheros en un único fichero de todo el volumen. Notas de cómo hacer esto se encuentran en el website de (X)medcon. .
Los ficheros Concorde son generados por los tomógrafos de microPET de la compañía Concorde. Es un formato con dos ficheros (uno de datos y otro de encabezamiento), con el de encabezamiento fácilmente leíble en ASCII. Usted tendrá que decir al AMIDE que abra el fichero de encabezamiento (.img.hdr), no el fichero de datos (.img).
Una variedad de formatos adicionales pueden ser soportados a través de (X)MedCon, incluyendo: Acr/Nema 2.0, Analyze (SPM), InterFile3.3, y Gif87a/89a. Para mas información , por favor refiérase a la documentación de (X)MedCon sitio web (http://xmedcon.sf.net).
AMIDE saves studies in an extensible XML based format called XIF (Xml Image Format). This format can be stored as either a single file (flat file format XIF) or as a XIF directory. The flat file format is the default, and simplifies file moving and handling.
The directory format on the other hand allows easy access to the raw study data external to the AMIDE program, and will be of interest to developers. The directory format can be utilized via the "Save as XIF Directory" and "Open XIF Directory" menu items under the File menu.
En cualquier caso los ficheros o directorios tendrán el sufijo ".xif", y serán tratados idénticamente por el programa AMIDE .
De la ventana principal, selecciónar "File->Open", y se abrirá un diálogo de selección. Seleccione un nombre de fichero XIF en la columna de la derecha, y pulse el boton "OK" (o haga click doble en el nombre del fichero).
Para guardar un estudio, de la ventana de selección de estudios "File->Save As" y un diálogo de selcción de ficheros aparecerá. Mire la línea "selection:" cerca del pie de la ventana, si este es el fichero XIF deseado , pulse "OK" y el fichero sera guradado. Si no fuera el fichero XIF deseado , seleccione o entre el nombre correcto de estudio XIF, y pulse el boton "OK" .
Note que los ficheros de datos originales ya no son necesraios para AMIDE, ya que toda la información que AMIDE necesita esta guardada en el fichero .XIF . De todas las maneras debería guardar los ficheros originales, ya que AMIDE solamente lee la información que necesita del encabezamiento.
Aunque desde le punto de vista de tranferecia es bastante engorroso, usando la estructura de directorio para guardarlos tiene la ventaja decisiva de hacer la información mas fácilmente accessible usando linea de comandos y herramientas estandar de texto.
Cada directorio XIF contiene un fichero llamado "study_*.xml" el cual guarda los paramnetros básicos del estudio. Ficheros adicionales se encuentran en el directorio XIF como los ficheros ROI_*.xml que guardan ROI's, y data-set_*.xml con sus correspondientes conjuntos de datos, data-set_*_raw-data files, que contienen los parámetros de imagen y los datos crudos respectivamente. El fichero crudo (raw) (double/float/int, 64/32/16/8 bit, little or big endian, por plano/por segmento de tiempo(frame)/factor simple de escala), y está determinado por el formato original de los datos.
The flat file format is basically a concatenation of the information enclosed within the directory format. It is not meant to be editable or developer friendly. Instead, it allows easy management of studies for casual users. If you wish to access the information in a XIF flat file external to AMIDE, you'll be much better off resaving the data as in XIF directory format.
El formato es el siguiente: Los primeros 64 bits contienen una cadena mágica de identificación del formato. Los siguientes 16 bits contienen 2 enteros de 64 bit little endian, el primero siendo la localización del estudio xml en el fichero, y el segundo correspondiendo al tamaño de los datos xml. Dentro de los datos xml esta incluída la información de donde se hallan ubicados los hijos de los datos xml, y dentro de los datos xml de los hijos se encuentra la localización de los datos de los subhijos.